Die beiden Jugendgruppen sind im Schulalltag wichtige Treffpunkte, um Gemeinschaft in verschiedenen Altersgruppen zu bilden.

Oberstufenschüler engagieren sich in ihrer Freizeit als Leiter kleiner Gruppen mit jungen Schülern ab dem Schulstart in der Klassenstufe 5. Die wöchentlichen Gruppenstunden im Pfadfinderfort oder im KSJ-Haus werden von den Jugendlichen für vielfältige Aktivitäten und zur Vertiefung von Freundschaften wahrgenommen. Neben der Entwicklung sozialer Kompetenz stehen die Vermittlung christlicher Werte und die Verbundenheit mit der Natur im Mittelpunkt.

In den Ferien fahren beide Jugendgruppen in die beliebten Zeltlager, vom Altmühltal bis nach Korsika oder zum Nordkap. Unvergessliche Erlebnisse in fernen Ländern, getragen von dem Gemeinschaftsgefühl unter Freunden, prägen die Schüler des Johanneums in der Jugendgruppenarbeit.

Viele ehemalige Schüler bleiben nach ihrer Schulzeit aktiv in den Jugendgruppen dem Johanneum verbunden, um ihre Erfahrung an die nächste Schülergeneration weiterzugeben.